Diese Spenden waren eine unerlässliche Stütze, aber die fruchtbare Erde von Ribera del Duero und die schwierige Arbeit der Mönchen und Konvertiten verursachten, dass das Kloster in Blütezeit bis dem 13. Jahrhundert, wo der kulturelle und mönchische Niedergang bemerkt wird, haltet.

In dem 15. Jahrhundert mit der Enthaltsamkeiterneuerung von Fray Martín de Vargas erlangte das Kloster seinen Glanz wieder. Nach der Reform von Bruder Martin, verwandelte sich Valbuena  in die Diözese der Kongregation von Nordkastilien und hört auf von Verdona abzuhängen und beginnt, von Poblet abzuhängen.

Mit diesem neuen geistigen und ökonomischen Anstoss während des 16. Jahrhunderts führte es eine wichtige konstruktive und dekorative Arbeit durch. Trotzdem schuff  es keinen Präzedenzfall für das zukünftige Jahrhundert und dort began der Niedergang, der Säkularisierung am Anfang des 19. Jahrhunderts verursacht.

Der verlängte Niedergang in der Barrock fiel nicht mit der Bauwerke zusammen, während des 17. und 18 Jahrhunderts wurde die Kapelle von San Pedro mit Kreuzgang, Möchenzimmer, usw. renoviert. Diese konstruktive Aktivität, die von der Mühe und Arbeit der Gesellschaft  durchführt, hatte als Hauptfigur Brüder Alonso de la Puente, Cristóbal de Portocarrero und Guzmán de Luna.

Am Anfang des 19. Jahrhunderts erlebte das Kloster seinen größten Niedergang. Die Säkularisierung während des Unabhängigkeitskriegs (1808) und die Regierungsamtszeit machten, dass Joseph I durch Erlass die mönchischen und regulären Rechte abschaffte.

Nach dem Krieg 1814, kamen die Mönchen zu dem Kloster nur 6 Jahren zurück, weil die Rechte mit dem Trienio Liberal nochmal aufgehebt wurden. Während diese Zeit wurden Landgüter, die der Baron Karl Kessel kaufte, versteigert; eine Zeit, wo das Kloster eine große Verschlechterung erlitt.

Mit der Restauration von Fernando VII kamen die Mönchen zu dem Kloster für einige Zeit zurück, weil die Säzularisierung von Mendizábal 1835 mit 7 Jahrhunderten von Mönchensleben beendete.

Es ist, wenn das Kloster und seine Umgebung   als Privateigentum gekauft wird; erst von Karl Kessel, der seine Erde wiedererlangte und Jahre später mit einem grossen Teil des Gebäudes kaufte.

Während dieser Zeit wurde das Kloster in ein Zentrum für landwirtschaftliche und betriebe Praxis verwandelt, was bei einer zunehmenden Verschlechterung von den verschiedenen Instanzen half.

Es war 1836, als das Gebäude und die angrenzende Erde den Besitzer wechselte und von Juan Pardo erlangt wurde, bis das Instituto Nacional von Kolonisierung es 1950 kaufte, um ein neues Dorf neben des Klosters zu bauen, wie auch, um diese Restaurierung als Raum den Siedlern für verschiedene Gebrauche zu nutzen.

1954 begann der Bau der Wohnungen für die Kolonisten. In diesem Moment vewandelte sih die Mönchskirche in eine Pfarrei für das Dorf und begann, von dem Erzbistum von Valladolid abzuhängen. Bis 1967  kauft das Erzbistum  von Valladolid das andere Gebäude.

Die Vermittlungs- und Restaurierungsphase des Klosters began 1961 mit dem Hauptziel, eine Fabrik zu verstärken, alle Abdeckungen zu ersetzen und Gipsauflage der Sehenswürdigkeit zu tupfen.

Das Kloster hatte keinen Wiederaufbau bis dem Ende des 20. Jahrhunderts mit dem Ziel, dass der Koster der Sitz der Fundation "Las Edades del Hombre" sein konnte.

Die erste Umgestaltung wurde in drei Phasen teilnehmen: Die erste Phase dauerte zwei Jahre und wurde unter der Führung von dem Architekt Pablo Puente durchgeführt. Die zweite und dritte Phase, die  von Jesus I. San José und Juan José Fernández durchgeführt wurden, gaben den anderen Räumen wie das Gasthaus oder die Klosterkirche Wert.

Heutzutage ist das Kloster bei Reformierung und Umgestaltung, um den neuen 5-Sterne-Kurort der Kette Castilla Termal zu beherbergen.